L'atovaquone est un médicament de synthèse de la famille des hydroxynaphtoquinones, doté d'une puissante activité antimicrobienne. Il est principalement utilisé pour traiter et prévenir la pneumonie à Pneumocystis jirovecii (PCP) et le paludisme. Ce médicament agit en inhibant la chaîne de transport d'électrons mitochondriale des parasites, perturbant ainsi leur production d'énergie. L'atovaquone est souvent administrée par voie orale et est généralement bien tolérée. Elle est fréquemment utilisée en association avec le proguanil pour la prévention et le traitement du paludisme. Sa longue demi-vie permet une grande flexibilité posologique. L'atovaquone est efficace contre certaines infections à protozoaires et certaines infections opportunistes chez les patients immunodéprimés. Son absorption est améliorée par la prise concomitante d'aliments gras. Les effets indésirables fréquents incluent nausées, vomissements et éruptions cutanées, bien que les réactions graves soient rares. En conclusion, l'atovaquone est un agent antimicrobien important, tant en prophylaxie qu'en traitement.